从地质变迁看，我国的西南地区是茶树的原产地自喜马拉雅运动开始后，我国西南地区的地形发生了重大的改变，形成了川滇河谷和云贵高原，特别是近100万年以来，由于河谷的不断下切，高原的不断上升，使绝对高差达 5000～6500米，从而使西南地区既有起伏的群山，又有纵横交错的河谷，地形变化多端，以致形成了许许多多的小地貌区和小气候区，在低纬度和海拔高低相差悬殊的情况下，使平面与垂直气候分布差异很大，以致使原来生长在这里的茶树，慢慢地分量在热带、亚热带和温带气候之中。位于热带高温、多雨、炎热地带的，逐渐形成了温润、强日照的性状；位于温带气候中的，逐渐形成了耐寒、耐旱、耐荫的性状；位于上述两者之间的亚热带地区的，养成了喜温、喜湿的性状，从而使最初的茶树原种逐渐向两极延伸、分化，最终出现了茶树的种内变异，发展成了热带型和亚热带型的大叶种和中叶种茶树，以及温带型的中叶种和小叶种茶树。

同时，自第四纪以来，由于我国西南的某些地区，历经多次冰河期，如同其他植物一样，对茶树也造成了极大的灾难。云南由于受到冰河期灾害较轻，因此对那里的大叶种茶树影响较少，保存下来的野生大茶树也是多。按中国科学院的《中国区域地层表草案》所述：四川的受害地区主要在青衣江流域、峨嵋山区、大渡河流域和东部涪陵以东的乌江中下游一带。在川南、黔北、黔南等地受害较轻。虽然大批生长在冰河地区的茶树遭到毁灭性打击，但在受害较轻的四川南部和贵州一带，以及生长在河谷低地温暧地区的茶树得以生存，其后代就是今天零星分布在川南和贵州各地的野生大茶树。而通过自然筛选，向着温暖、湿润方向发展的，就成了大、中叶种的小乔木型茶树；向着抗寒、抗旱方向发展的，就成了中、小叶种的灌木型茶树，这就是我国西南地区，主要是云南、贵州、四川三省茶树，既有大叶种、中叶种和小叶种茶树存在，又有乔木型、小乔木型和灌木型茶树混杂生存的原因所在。植物学家认为：某种植物变异最多的地方，就是这种植物起源的中心地。我国西南三省，是我国茶树变异最多、资源最丰富的地方，当然是茶树起源的中心地了。