熟茶在渥堆发酵过程中，参与的微生物有黑曲霉、青霉属、根霉属、酵母属、灰绿曲霉、细菌等。在不同的发酵车间、环境下，各种微生物此消彼长，形成了各个厂家、区域的不同风味产品。黑曲霉是关系到熟茶品质的重要菌种，在发酵过程中始终处于优势地位。黑曲霉可分解茶叶所含的多糖、蛋白质、果胶、木质纤维等有机物，为熟茶的甘滑、醇厚奠定基础；青霉属起到类似抗生素的作用，对发酵产生的杂菌、腐败菌有着显著的消除和抑制作用；根霉分解果胶类能力出众，可产生芳香的酯类物质，对熟普的酽厚口感形成有着重要作用；酵母菌在温度适宜条件下迅速繁殖，有助于形成熟茶的陈香、醇、甘、滑等口感。如果控制不当，则会产生辣、刺、叮、麻、挂、锁、酸等低劣口感，拉低熟茶的品质；灰绿曲霉、细菌则是发酵过程中的“害虫”。前者会导致茶叶腐烂变质，后者则是食品生产中应尽量抑制的微生物。实践证明，普洱茶渥堆发酵过程中，各种有益微生物之间的拮抗作用，可以显著抑制灰绿曲霉，堆子中检出的细菌数目也极少，且没有致病细菌。国内外长期研究表明，茶叶中的茶多酚能够抑制致病菌的生长繁殖。可以说，没有微生物的参与，就不可能有熟茶的产生，发酵正是多种微生物作用的结果。