普洱茶的发酵由三大部分组成：初级发酵、二次发酵、后续发酵。

    还有独特的发酵：自然发酵及人工发酵。

    其初级发酵是在晒青毛茶过程中，通过特殊环境中微生物菌群自然接种完成，在普洱茶进入准发酵前，对茶叶的预处理。由于它具有微生物菌群的“干预”，加之晒青过程对茶菁有较大改变，已具备发酵的特质，故称之谓初级发酵。

    其二次发酵包括两个部分，一是自然发酵(普洱生茶)，是历史上流传下来的传统工艺，是将晒青毛茶经过蒸压成固态形状，有团、饼、沱、砖等形状；二是人工发酵(普洱熟茶)，是现代发明的新工艺，是将晒青毛茶通过“渥堆”发酵的方法快速发酵，再蒸压成固态形状——团、饼、沱、砖。这两个过程被称为“二次发酵”，是因为它们并没有完成所有的发酵过程，无论是普洱生茶还是普洱熟茶都有“年份”的要求，都需要后续发酵，确定普洱茶最佳品饮时间及品质。虽然普洱熟茶具有较明显的即饮性特点，但存放三年以上的熟普洱与新出堆(指渥堆)的熟普洱其品质、口感大有不同。

    其后续发酵，也是“后发酵”。它是普洱茶在紧压成团饼、沱、砖等形态后，进入固态发酵最后一个过程——品质再造。这个过程与前两个发酵过程不同，如果说前两个过程是在普洱茶制作者或企业完成的话，那这个过程则由存茶者(或商家、消费者、生产企业)完成的。普洱茶自古就有“存茶一说”，存茶并不是摆着好看，或者因为它是“稀缺资源”。而是“存茶者”依据各自对普洱茶的理解，通过存储中温度与湿度等诸多因素的把握方法，将普洱茶“锻造”出更优异的茶品，准确地说，是品质再造的一个过程。很多“存茶者”与云南的茶山，以及生产普洱茶的企业有很深的渊源，而且存茶中的过程，如干仓、湿仓等，都付诸了“存茶者”大多的经验。