首先，普洱茶能后发酵是因为存活真菌孢子。茶叶经过杀青，其最大的目的是杀死茶叶细胞，让植物内以氧化酶等主体的酶失活，但真菌类的微生物是还存在的。因而，普洱茶的后发酵开始于晒青毛茶的后发酵。晒青毛茶上附有很多真菌类，最主要的是黑曲霉。曲霉有许多种，对人类最有益的叫黑曲霉。当空气湿度超过百分之六十到百分之九十之间，温度超过15度到25度乃至以上，生茶里面的微生物黑曲霉孢子就萌发了，成为菌丝体。微生物靠茶叶作为养料，通过菌丝体繁殖产生了微生物的酶，对茶叶进行后发酵。那么，后发酵会对茶叶的内含物质带来什么变化呢?

01.多酚类

多酚类是多种性化合物的总称，其主体为儿茶素(黄烷醇)占总量的60～80%，与茶的汤色、滋味和香气都有密切的关系。儿茶素无色，滋味苦涩且有较强的刺激性，在贮存过程中易发生自动氧化。

首先脱氢而成为醌，再进一步聚合而形成褐变物质。如:茶黄素(TF)、茶红素(TR)、茶褐素(TB)。这些色素的综合变化，就促成汤色逐渐变深。茶黄素TF能溶于水，滋味较鲜爽、收敛。茶红素TR能溶于水是茶汤汤色的主体物质，刺激性较弱，呈游离状态存在，反映滋味的浓强程度。茶褐素TB味道相对要淡，是造成茶汤发暗的因素。

TF、TR、TB三者的转化以及相互比例与普洱茶的品质有关，在所有茶类中普洱茶要求口感醇厚、回甘、富有粘性。所以，在后发酵过程中使多酚类发生自动氧化所形成的产物，是决定普洱茶品质风格的呈味物质。

02.黄酮类

黄酮类化合物是以黄酮(2-苯基色原酮)为母核而衍生的一类黄色色素，其中包括黄酮的同分异构体及其氢化的还原产物。

黄酮类化合物在植物界分布很广，在植物体内大部分与糖结合成苷类或以碳糖基的形式存在，也有以游离形式存在的。普洱茶中黄酮类化合物主要为黄酮类、黄酮醇或查耳酮。

黄酮类化合物具有抗氧化、抗肿瘤、保护心血管、抗突变等作用。鲍晓华(2010)等研究表明普洱生茶随着贮藏时间的延长，黄酮类化合物的溶出在增加，因饮用普洱茶是泡饮。所以生普贮藏时间的延长，在抗氧化、抗肿瘤、保护心血管、抗突变等作用方面比新生产的生普要好。

 

03.芳香类

普洱茶在陈化过程中确会产生一些令人愉悦的香气。普洱茶的香气成分主要是菇烯类、芳环醇类、醛酮类、酚类、杂环化合物、内酯类、碳氢化合物等。这些成分呈现出烤香、酚香、陈香和木香，从而构成了普洱茶的独特香气。这与普洱茶所使用的原料以及贮藏过程都有很直接的关系。

刘勤晋教授的研究发现，普洱茶产生独特陈香的另一个重要原因是在贮藏过程中辛二烯酮、庚二烯酮戊烯醇等成分的增加。卢红等(2006)的实验表明，重要香质α-紫罗酮、β-紫罗酮、巨豆三烯酮、二氢猕猴桃内酯等在发酵陈化过程中形成并积累。这4种香质都是类胡萝卜素的降解产物，它们在陈化的植物产品中表现出明显的花香、甜香和具有减少刺激性的明显效果。吡唑类、嗯唑类和吡咯类化合物是Maillard作用产物，其产物的饮用味觉特征与普洱茶的顺、滑、回甜具有一致性现象。而呋喃类产物具备明显的甜香特征，与优质普洱茶的感官审评蜜甜香增强现象相吻合。

04.咖啡碱

咖啡碱作为茶叶的特征物质之一，是茶叶中含量最多的一种生物碱。

其含量一般占鲜叶干物重的2-5%，它参与了茶叶品质的形成，特别是与茶汤的滋味有显著相关性，是构成茶汤滋味的重要物质。

根据陆锦时等对绿茶贮藏过程中主要化学成份的变化的研究，表明咖啡碱在绿茶贮藏存中是随着进程而减少。